白头翁可以治疗肠道疾病，特别是由细菌或病毒引起的腹泻、痢疾等。白头翁中的活性成分具有抗菌、抗炎的作用，能够有效抑制肠道内的有害菌群，缓解腹痛、腹泻等症状。白头翁汤中，白头翁与黄连、黄柏等药材配合使用，常用于治疗急性肠炎或细菌性痢疾。