阿米巴原虫是可以清除的。现代医学已经有成熟的治疗方法来对付阿米巴感染。临床上常用的药物包括甲硝唑、替硝唑等，这些药物对消灭阿米巴原虫有很好的效果。通常，在医生指导下完成一个完整的疗程后，体内的阿米巴原虫可以被有效清除。