阿米巴原虫最常见的致病类型是溶组织内阿米巴，它会引起阿米巴痢疾或肝脓肿等疾病。从感染到出现症状的潜伏期一般为1周到数月不等，平均约为2到4周。不过，也有部分感染者在感染后长达几个月甚至几年都没有明显症状，这种状态称为“带虫状态”。